Cristóbal Colón, en su cuarto y último viaje, tocó tierra en Centroamérica... 
isla Guanaja, el 30 de julio de 1502. Se dirigió luego a Punta Castilla, siguió a lo largo de la costa de Honduras, pasó el cabo Gracias a Dios y, navegando frente a la costa de Nicaragua, llegó a Costa Rica.
Después de Colón, comenzaron a llegar a tierras americanas gran cantidad de descubridores y colonizadores. Las primeras expediciones fueron viajes de exploración, pero pronto empezaron a llegar expediciones mejor organizadas que asentaron las primeras colonias y sometieron a la población. Los Reyes de España permitían a sus súbditos viajar al Nuevo Mundo. Las expediciones eran equipadas por particulares a los cuales se les daba comúnmente el nombre de Adelantados. Estos firmaban un contrato, llamado Capitulación, en el que se comprometían a dar a la Corona española una parte de las ganancias, a fundar poblaciones y a ayudar a la cristianización de los naturales, para lo cual casi siempre se hacían acompañar por un sacerdote En las ciudades fundadas tomaban asiento los funcionarios reales encargados de cobrar el "quinto" o la quinta parte de los impuestos que pertenecían al Rey.
Los españoles se mezclaron con la población indígena, lo que dio como resultado una rica mezcla de culturas y una población mestiza. En Costa Rica, sin embargo, la población indígena desapareció prácticamente y en Guatemala la población indígena, importante y homogénea, se resistió a la mezcla y conservó sus propias tradiciones.
Durante la época colonial, Centroamérica se llamaba Capitanía General de Guatemala o Reino de Guatemala. La región sufrió continuos ataques por parte de piratas y filibusteros ingleses, franceses y holandeses. En el siglo XVIII, los gobernadores de Guatemala estaban preocupados por los ataques de los corsarios y el avance de los ingleses que ocuparon la Costa de los Mosquitos. Las rivalidades entre España e Inglaterra a causa de territorio nicaragüense duraron casi tres siglos.
