Pocas décadas después de la llegada de Colón, el gobierno español ya tenía una jerarquía muy organizada en Las Indias. 
que se consideraban parte del territorio nacional. El rey delegaba directamente su autoridad a un noble español con el título de virrey. Durante el siglo XVI se establecieron dos virreinatos: el de Nueva España, creado en 1535 con capital en la ciudad de México, incluía todo el territorio del antiguo México (desde Nuevo México, Texas, California hasta lo que hoy es Guatemala) y el de Nueva Castilla, establecido en 1543, cuya capital era Lima, que reemplazó al Imperio Incaico (hoy Ecuador, Perú y Bolivia). Con menor jerarquía política, había territorios más militarizados, gobernados por capitanes: las capitanías de Guatemala (hasta lo que hoy es Panamá), de Cuba (que incluía La Española y Puerto Rico), de Venezuela y de Chile. En el siglo XVIII se crearon otros dos virreinatos: La Nueva Granada, con capital en Bogotá (1739), y Buenos Aires, con capital en La Plata (1776).
Además de los virreyes, existía en América una institución judicial llamada la Audiencia, constituida por unos ocho oidores que controlaban a las autoridades políticas. Los virreyes, además, eran visitados con frecuencia por representantes del rey para supervisar su fidelidad a la Corona. Este complicado aparato político respondía, en parte, a la preocupación constante de la Corona española por controlar sus territorios en América. Pero también reflejaba los debates internos del gobierno español, que por un lado fomentaba el afán de lucro y el trabajo forzado de indígenas y de africanos, pero por otro lado expedía leyes para proteger los derechos cristianos de los indígenas y prevenir los abusos. La autoridad era contradictoria y difusa. Un dicho común en las colonias era: la ley se acata pero no se cumple, es decir, se reconocía el mandato del rey, pero sus leyes tenían poco impacto en la práctica. Por ejemplo, por razones religiosas y políticas, en todos los territorios españoles estaba prohibido el tráfico de esclavos los traficantes de esclavos eran ingleses, franceses, portugueses y holandeses, pero en realidad la compra y venta de esclavos africanos fue una parte fundamental de la economía colonial.
La pirámide social de las colonias ibéricas era bastante fija, y estaba basada en una clara distribución desigual de la riqueza, el trabajo y la raza. En la cima de la pirámide, con el mayor poder político y económico, estaban los españoles venidos de Europa. Junto a ellos, pero con menor influencia política, estaban los criollos: americanos de "pura sangre" española que generalmente eran latifundistas y tenían pleno acceso a la educación. En el estrato medio, generalmente artesanos o pequeños propietarios de tierras, estaban los mestizos: estos eran una mezcla de indígena y español. En escala descendiente había un gran número de otras "castas" o mezclas raciales: mulatos (negro y español), zambos (negro e indígena), etc. Por fin, en la base de la pirámide y destinados a los trabajos más duros en las minas y la agricultura, estaban los indígenas y los esclavos africanos.
Estas estructuras políticas y sociales también se expresaban en el desarrollo urbanístico. Las ciudades se organizaban alrededor de una plaza mayor central, donde se hacía el mercado semanal, y donde se encontraba el palacio de gobierno y la iglesia principal o catedral. Cerca de la plaza vivían las personalidades más influyentes autoridades, familias adineradas de españoles o de criollos, y estaban los conventos y las universidades. En la periferia vivían los ciudadanos de menor categoría: mestizos, mulatos, indígenas. Así, las ciudades reflejaban la estratificación de la colonia, basada en la pureza de sangre española, y con muy pocas posibilidades para ascender en la escala social. Pero esta estructura expresa también el continuo contacto entre clases y grupos diferentes en la plaza mayor, para el mercado, las Audiencias, y las festividades religiosas que, además del contacto sexual entre las distintas castas, creó el sincretismo cultural y racial que hoy caracteriza a América Latina.
