Además de los virreyes, existía en América una institución judicial llamada la Audiencia, constituida por unos ocho oidores que controlaban a las autoridades políticas. Los virreyes, además, eran visitados con frecuencia por representantes del rey para supervisar su fidelidad a la Corona. Este complicado aparato político respondía, en parte, a la preocupación constante de la Corona española por controlar sus territorios en América. Pero también reflejaba los debates internos del gobierno español, que por un lado fomentaba el afán de lucro y el trabajo forzado de indígenas y de africanos, pero por otro lado expedía leyes para proteger los derechos cristianos de los indígenas y prevenir los abusos. La autoridad era contradictoria y difusa. Un dicho común en las colonias era: “la ley se acata pero no se cumple”, es decir, se reconocía el mandato del rey, pero sus leyes tenían poco impacto en la práctica. Por ejemplo, por razones religiosas y políticas, en todos los territorios españoles estaba prohibido el tráfico de esclavos –los traficantes de esclavos eran ingleses, franceses, portugueses y holandeses–, pero en realidad la compra y venta de esclavos africanos fue una parte fundamental de la economía colonial.