En épocas específicas del año se representaban "el baile de la conquista, baile de los moros y cristianos" y otros. Se desarrolló un tipo de música cortesana, cuyos conjuntos tenían un aspecto medieval. La música religiosa fué la corriente que encabezó las expresiones musicales de la colonia, cultivando el canto litúrgico y luego se hicieron velados musicales en las casas de unos cuantos que gozaban del privilegio de las audiciones de música de cámara con artístas del extranjero.

Pese a lo poco estudiado de la música colonial en Guatemala, la Capitanía General contó con uno de los primeros embarques de chirimías, orlos o dulzainas vinieron en los barcos de Cabotaje a la Capitanía General de Guatemala. Se importaron instrumentos de cuerda tales como: "rabeles", laudes y chitarrones hacia Guatemala.

En los primeros villancicos estudiales se establece una combinación de elementos de la música pentatónica indígena, la homofonía africana y la politónica española, y esta música tiene raíces populares ya que está cantada en lenguas como el quiché, el cakchiquel y nahual y el español renacentista. El villancico de Guatemala es el más antiguo que se conoce en el mundo americano (1552). Sin duda fué un centro musical importante durante la colonia.

Es importante mencionar que la biblioteca musical de la catedral poseía varias obras importantes, tales como misales sevillanos en papel y uno en pergamino, 4 procesionales, dos mamales, dos antífonas, un pslaterium y un "passionarium" romanos, el "liberquindecim missarium" de Andrea Antico y 4 pequeños libros de polifonía, una biblioteca completa que consistía en once libros de cantos Llanos.

Se conocieron y estudiaron además varios instrumentos como las violas (desde 1604) al igual que los violines, rabeles, arpas y vigüelas.

Toda esta época (conquista y coloniaje) no fué propicia para desarrollar una música con matices nacionales, ya que no había conciencia nacionalista debido a las grandes diferencias sociales e injusticias.

Durante la colonia se utilizaron la guitarra, el clavicordio, la viola, el rabel y el violín. Músicos representativos como: Francisco Aragón, Pedro Aristondo, Miguel Pontaza, Narciso Trujillo entre otros.