Fundado en 1828, por el gobierno de las Provincias Unidas de Centro América llamado entonces Chachaclum, nombre maya itzaj, que deriva de dos voces mayas: “ Chachak” = rojo o encarnado y “lu´um” = barro, tierra, suelo o lodo, que unidas significa “Tierra Colorada”. (Tesucún, Félix. Dicc. Maya Itzaj 1994). Por acuerdo gubernativo de fecha 7 de octubre de 1927, y a solicitud del pueblo, cambió su nombre por el de San Francisco.

Por acuerdo del 30 de mayo de 1931, el municipio de San Juan de Dios se anexa a San Francisco, por dos causas: 1) falta de recursos económicos del Municipio de San Juan de Dios y 2) por la emigración de sus habitantes hacia Belice, ante el reclutamiento obligatorio de jóvenes que realizaba el ejército nacional.