El municipio de Patzún fue fundado mucho antes de la conquista, en el siglo XII. Formaba parte del territorio Kakchiquel y se sabe con certeza que pertenecía al reino de Iximché. Los sacerdotes franciscanos fueron los primeros en llegar a dicho municipio como misioneros en el año 1,540. A ellos se debe la construcción de la iglesia parroquial, que se ubica a aun costado del parque, y fueron ellos los que trajeron la imagen del patrono San Bernardino, que es el “patrón del pueblo”. Sus habitantes se han dedicado a la agricultura, principalmente el maíz, al cual dedican ciertas ceremonias. Por su espíritu laborioso y pacífico no tardaron en someterse a la corona de España tras la conquista.

Patzún se encontraba inscrito en el distrito octavo, correspondiente a Sacatepequez y dentro del circuito denominado Comalapa. Al ser creado el departamento de Chimaltenango, por decreto de Asamblea Constituyente del 12 de Septiembre de 1839, Patzún entra a formar parte de dicho departamento.

Existen dos versiones del por qué se fundó y de donde proviene el nombre de Patzún:
1. Por un lado, según versiones lingüísticas, se formó de las voces PA (dentro o lugar) y TZUM (cuero), “el lugar de cueros o cueros, o donde hay cueros”.
2. La otra versión es que proviene del Kakchiquel “PA” = locativo y “SO” = corruptela de Tzun, que significa especie de girasol silvestre, que traducido literalmente podría significar “el lugar de los girasoles silvestres”.