No se ha podido establecer la fecha exacta en que fue fundado el poblado, según documentos existentes en el Archivo General de Centro América se tiene información que por las últimas dos décadas del siglo XVI, las tierras que hoy ocupa el poblado de San Jacinto, eran Tierras Realengas, es decir pertenecientes a la Corona.

El doctor Severo Martínez Peláez, habla sobre tierras realengas como producto del Principio del Señorío entre los conquistadores. Sobre dichas tierras, afirma lo siguiente:

“ El principio de señorío tuvo una importancia extraordinarias… sólo el rey cede o vende tierra; toda posesión deriva de una cesión o venta original de la corona… cualquier tierra que el rey no haya vendido o cedido es tierra realenga, le pertenece al rey y no puede ocuparse ni usarse sin incurrir en delito de usurpación.”

Los antiguos habitantes de la región que hoy ocupa Quezaltepeque se fueron trasladando hacia San Jacinto en busca de terrenos fértiles para los cultivos. Aunque el territorio fue ocupado por indígenas chortís, vivían en el mismo algunos españoles que tenían sus estancias de ganado en los alrededores.

Para inicios del siglo XVII, ya se había establecido el pueblo de San Jacinto, con habitantes en su mayoría de raza y lengua indígena. Hacia la segunda década del siglo XVII, se consideraba a San Jacinto como un poblado separado de Quezaltepeque en el ramo civil.

Cuando el Arzobispo Pedro Cortés y Larraz realizó su visita pastoral al reino de Goathemala entre 1769-1770, llega a Quezaltepeque pasando por San Jacinto, indicando que el pueblo era anexo de la cabecera del curato. Se encontraba a 7 leguas de distancia de Quezaltepeque, contando con 250 familias con un total de 1945 personas. Indicaba el Arzobispo Cortés que la tierra producía maíz, caña, trigo y frutas en abundacia. Además el idioma materno era el chortí, aunque todos los pobladores entendía ya el castellano.

John Lloyd Stephens, un viajero que visita a Guatemala durante el siglo pasado, escribe sobre San Jacinto lo siguiente:

“ A las tres de la tarde divisamos el villorio de San Jacinto. Del lado opuesto había una hermosa altiplanicie, con montañas elevándose a los lejos y cubiertas hasta la cúspide de majestuosos pinos. Allí no habían cultivos, y toda la región estaba en su primitiva rusticididad. A las cinco de la tarde cruzamos la corriente y entramos al poblado de San Jacinto. Este se componía de una colección de chozas, algunas construidas con palos y otras repelladas con lodo.”