El nombre de San Juan Ermita es de origen español. Una vez que fundaban una comunidad, le ponían un patrón. En este caso, San Juan Bautista.

Respecto a “Ermita”, lo mas probable es que antes de ser construida la Iglesia actual, el pueblo contara con una pequeña Ermita de donde se originó su nombre. Algunos creen que en la antigüedad, este municipio se encontraba poblado por ermitaños que se guarnecían en grutas, de las cuales se pueden mencionas las que encuentran en las Peñonas, en el Caserío Los Migueles, de aquí se originaría el nombre de Ermita. De hecho, estudiantes de arqueología de la Universidad de San Carlos, han descubierto recientemente en éste lugar de grutas y cuevas, pinturas rupestres de gran valor histórico y turístico.

No se tiene conocimiento alguno de la fecha exacta en que fu fundado. Lo que si podemos asegurar es que se trata de un pueblo antiguo creado en la época colonial; fue un asentamiento de colonizadores españoles; esa es la razón de tanto apellido de origen hispano.

Al llevar a cabo su visita pastoral entre 1768 y 1770, el arzobispo doctor don Pedro Cortés y Larraz llegó a la parroquia de Jocotán procedente de la de Quezalrepeque. Anotó que a 3 leguas de Santa Elena (aldea del municipio de Chiquimula) “ se da con el pueblo llamado San Juan Ermita, anexo de Jocotán; está en un valle de muchas aguas, muy fértil y estro entre dos montañas bastantes elevadas, con los jacales muy esparcidos por las faldas de las montañas, con muchas siembras de maíces, caña, frijoles, verduras y así sigue hasta Jocotán…” Indicó que como pueblo anexo de la parroquia se encontraba a 2 leguas de la misma; tenía 163 familias con 267 personas de raza y habla chortí: “ La gente anda sumamente desnuda y muchas familias viven en los valles y vegas que forman las montañas que rodean el pueblo, en los que hacen sus siembras de caña, cacao, plátano y milpas; y las que están a mayor distancia es de 3 leguas, como todo se halla en los mismo términos de las respuestas del cura, a que puedo aumentar que he visto con mis propios ojos varios jacales de indios en dichos valles y vegas esparcidos por las alturas de los montes…”

John Lloyd Stephens estuvo entre 1838 y 1839 en el país y relató los incidentes de su viaje. Salió de Chiquimula rumbo a las ruinas de Copán, pasó por Santa Elena y caminando entre las montañas “ divisamos las cumbres de los cerros todavía elevándose sobre nosotros, y a nuestra derecha, allá abajo a los lejos, un profundo valle. Descendimos y lo hallamos más angosto y más bellos que ninguno de los que habíamos visto, circundado por filas de montañas de varios miles de pies de elevación y teniendo a su izquierda una extensión de extraordinaria hermosura, con un rojo terreno de piedra arenisca, sin ningún arbusto ni maleza, y cubierto de pinos gigantescos. Al frente, elevándose por encima de las miserables chozas de la aldea y en apariencia montada sobre el valle, estaba la enorme iglesia de San Juan Ermita… A las dos de la tarde atravesamos la corriente y entramos en la aldea”. Continuó rumbo a Jocotán y Camotán.

Los datos anteriormente mencionados son pruebas fehacientes que el municipio de San Juan Ermita asienta sus raíces en la época colonial. Ya en la Constitución Política del estado de Guatemala, decretada por su asamblea el 11 de Octubre de 1825, San Juan ermita es mencionado como uno de los treinta pueblos que formaban el corregimiento de Chiquimula.