Se desconoce a ciencia cierta quienes fueron los primeros pobladores del Municipio de Sayaxché, pero se cree que fueron los últimos trabajadores de la montería y corte de maderas de la empresa maderera Jamet Sastré entre los años 1874-80, en las áreas de los ríos Lacantún, Usumacinta y la Pasión, trabajadores oriundos en su mayoría de Tenosique, Tabasco, Belice y España, dando a Sayaxché un origen cosmopolita.

Sayaxché ascendió a la categoría de municipio el 4 de Diciembre de 1929, al dejar parte del municipio de la Libertad como aldea.

El nombre de Sayaxché es de origen Maya que significa Horqueta de Ceiba, de origen kecchí que traducido quiere decir Sa - En, Yax - Horqueta y Ché - Palo, En horqueta de palo.

A continuación se presenta una entrevista extractada de la revista Ecos del Pasión No. 1 del año 1989, al señor Francisco Marcos Bá historiador que nos cuenta algo sobre la fundación del municipio de Sayaxché, así " POR UNA METIDA DE PATA, Cuando Sayaxché, era aldea del municipio de la Libertad, bajo la iniciativa y dirección del comandante del destacamento militar, Coronel Julio Godoy Molina, del alcalde auxiliar señor José Golip Aucar de la aldea; dispusieron construir un puente colgante sobre el arroyo El Bejucal, distante cuatro kilómetros de la aldea, este obstaculizaba el paso al transeúnte que se dirigía a la Libertad y Ciudad Flores, el paso con la creciente de sus aguas durante la época lluviosa. Realizada la construcción de la obra, puente EL PROGRESO que así se llamó, fue inaugurado el 30 de Junio de 1927, en donde alumnos, vecinos y autoridades se congregaron para conmemorar el acto del triunfo de la REVOLUCIÓN DEL 71.

La construcción del puente, como era de esperarse, pronto comenzó a resentirse con el paso de cabalgaduras, ya que era de madera rústica, por lo que solamente siguió sirviendo para peatones; pero un día el señor Daniel González, administrador de la Empresa Maderera The Guatemalam Mahegani y Company, procedente del cambio, lugar en donde se encontraban las oficinas de la gerencia y cabalgando una mula, quiso pasar por el puente, pero en un desajuste de las tablas del piso, el animal metió la pata, cosa que por poco cuesta un accidente al intrépido jinete; quien en ese mismo día continuó su camino a la Libertad y contó lo sucedido al alcalde municipal de ese entonces, señor Juan Velásquez, por lo que el señor Velásquez dirigió una carta al coronel Godoy Molina, criticando acremente la construcción del puente, recibida la carta por el coronel Godoy Molina comunicó su contenido a colaboradores y vecindario en general.

Este incidente molestó el ánimo de los vecinos y desde ese entonces nació la idea que motivó la separación de la Aldea Sayaxché, del municipio de la Libertad, cuya culminación fue el ACUERDO GUBERNATIVO DEL 4 DE DICIEMBRE DE 1929 que lo elevó a la categoría de municipio. Esto dio lugar al antagonismo entre los pueblos. Por tal situación es digno de mencionar la hospitalidad mostrada de doña Bartola González y Factor Mis fue importante también en el fútbol que contribuyeron a limar las asperezas. La separación de Sayaxché del municipio de la Libertad, fue a petición de un grupo de honorables vecinos ante el gobierno de la República del presidente General Lázaro Chacón."