Nació en la Ciudad de Guatemala, el 27 de diciembre de 1922.

Hijo de Manuel y Laura, quienes tuvieron cuatro hijos, Juan era el segundo.

A los doce años, insistió firmemente en que quería entrar al Seminario para ser sacerdote. Fue admitido en el Seminario Menor y siguió el camino de la formación para ser sacerdote sin interrupciones.

Juan Gerardi terminó los estudios de filosofía en el Seminario de Guatemala y con una beca que le otorgaron, finalizó sus estudios de teología en el seminario diocesano de New Orleans, Estados Unidos.

Su ordenación sacerdotal tuvo lugar en la Catedral Metropolitana de Guatemala el 21 de diciembre de 1946. Los siguientes 20 años, el sacerdote Juan Gerardi conoció más el campo, la pobreza, la vida de los indígenas y la gente pobre, porque sirvió como párroco en lugares del interior del país como Mataquescuintla, Tecpán, Patzicia, San Pedro Sacatepéquez y Palencia. Luego sirvió en la Ciudad de Guatemala en Santa Clara, El Sagrario y Candelaria. Fue canciller de la curia y Provicario General, primero con Monseñor Rosell y luego con Monseñor Casariego.

Electo Obispo de La Verapaz el 9 de mayo de 1967; su ordenación episcopal fue el 30 de julio de 1967 y tomó posesión el 11 de agosto del mismo año. Encontró en La Verapaz una diócesis bastante pobre, con poca estructura y poca vida. Monseñor Gerardi decidió que su prioridad era trabajar con los indígenas y organizó por primera vez en aquella diócesis cursillos para catequistas, el movimiento de los Delegados de la Palabra de Dios y la Pastoral Indígena y junto a los agentes de pastoral organizaron la liturgia en lengua Q'eqchi'. Logró la autorización para una de las primeras radios católicas e impulsó la presencia de comunidades religiosas en la diócesis.

En septiembre de 1974 es elegido como Obispo de El Quiché y durante tres años continuó simultáneamente como Administrador Apostólico de La Verapaz. Las situaciones pastorales y sociales de El Quiché eran bastante difíciles. Eran los años en que la situación de la violencia crecía mucho en este territorio, uno de los más pobres de Guatemala.

En El Quiché la lucha entre ejército y guerrilla se volvía cada día más fuerte alcanzando situaciones terribles entre 1980 y 1983. Cientos de catequistas y directivos de las comunidades cristianas, casi todos mayas, fueron asesinados. Como se muestra en el informe del REMHI, el gran impacto de la violencia fue contra los líderes sociales, 90% de ellos, líderes civiles.

En 1980, siendo Monseñor Gerardi Presidente de la Conferencia Episcopal de Guatemala, viaja a El Vaticano para asistir al Sínodo de la Familia. A su regreso, se le prohibe el ingreso al país, por lo que viaja a San Salvador, en donde no le dan asilo, y finalmente a Costa Rica, desde donde siguió siendo el Presidente de la Conferencia Episcopal de Guatemala.

En 1982 pudo regresar a Guatemala y el 28 de agosto de 1984 fue nombrado Obispo Auxiliar de la Arquidiócesis de Guatemala y también párroco de San Sebastián.

En 1988, la Conferencia Episcopal de Guatemala delegó a Monseñor Rodolfo Quezada Toruño y a Monseñor Juan Gerardi para participar en la Comisión Nacional de Reconciliación.

Llevó adelante la creación de la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado, que se preocupa hasta hoy de las víctimas de la violencia y cualquier violación a los derechos humanos. En este contexto, empezó el proyecto interdiocesano REMHI (Recuperación de la Memoria Histórica), al cual Monseñor Gerardi se dedicaba casi por completo, con la esperanza de conocer la verdad por medio de testimonios para el pasado no se repitiera más, ya que estaba convencido de que la paz y la reconciliación se lograrían solamente conociendo la verdad.

La presentación de los resultados de REMHI tuvo lugar el 24 de abril de 1998; el 26 de abril de 1998, Monseñor Juan Gerardi muere asesinado.