Mantenía su gobierno por la fuerza de las bayonetas, cometiendo muchos abusos y atropellos. Poco tiempo después de haber asumido la presidencia faltó a su juramento, violando la Constitución y abusando de su poder. Dió un golpe de Estado y convocó a un Congreso Extraordinario, el 10 de octubre de 1826. El 31 de octubre del mismo año vuelve a violar la Constitución por medio de un decreto para convocar a los pueblos del Estado y elegir nuevas autoridades. La historia lo considera como un conspirador de la Independencia y variable en su política, asimismo, mal administrador, abusador de la fuerza y dictador, traidor a su partido liberal. El 23 de marzo de 1827 los liberales le hicieron la guerra por su mal proceder en el poder, quienes levantaron un ejército en El Salvador e invadieron Guatemala, sin embargo derrotó a las fuerzas liberales en Arrazola. Poco tiempo después fue derrotado en Milingo y tuvo que huir hasta Mataquescuintla para salvar su vida. Por dicha derrota es obligado por los conservadores a abandonar el poder, éste al verse fracasado y traicionado, dispuso presentar su renuncia. La Asamblea, como respuesta a la renuncia de Arce, le contestó: "Que creía era de absoluta necesidad que se retirara del mando"