Alvarado con la idea de transportar comercio a China y Japón, fundó en las costas del Mar del Sur y en la desembocadura del Río Michatoya y el canal de Chiquimulilla, el puerto de Iztapa; el primer puerto de Guatemala y Centro América,  que fue donde se construyó la armada más poderosa que hasta entonces había surcaso el Océano Pacífico.

El puerto fue construido con la ayuda de el Capitán Luis Moscoso, el fué el encargado de encontrar el lugar y los materiales para realizarlo.

Este puerto tuvo una gran importancia en cuanto a transporte, sobre toda para la vía Oriental.

Iztapa significa significa "lugar donde abunda la sal".
Pero con el transcurso del tiempo su nombre fue escríto en distintas formas Yztapán, Yztapa, Ixtapa, Ystapa e Ixtapán, de la lengua de nahuatl se derivó de dos vocablos,
Ixtalapan:  Río Salado o río de sal
Ixtacapan: Lugar del río Blanco o Río Blanco

Según la historia, la primera embarcación que llegó al puerto fué el Barco francés Melanie en 1836.

En el tiempo del Capitán Francisco Briseño, Antonio de Salazar al darse cuenta que el puerto se había vuelto de suma importancia para transporte de comercio sobre todo con México y Perú, hizo un camino carretero, el primero en la Republica guatemalteca que alcanzaba desde Iztapa a la capital.

El puerto de Iztapa actualmente se encuentra en el departamento de Escuintla. Ses estableció como municipio el 8 de Diciembre de 1925. Su fiesta patronal dedicada a San Rafael Arcángel, se celebra el 24 de octubre. Siendo en ésta lo más tradicional el "Paseo de San Rafael por el río".