Los españoles escogieron los puertos de Caldera en la Punta de Castilla y Puerto Caballos en Honduras, para hacer comercio, estos puertos estan lejos de Guatemala, lo cual se hizo dificil para el comercio.

Estos puertos sufrieron saqueos de piratas y bucaneros del siglo XVII; esto llevó al Capitán General Doctor don Alonso de Castilla, a enviar a Francisco Navarro en busca de un lugar seguro que les diera garantías para el comercio y que les diera más seguridad para evitar los ataques de estos ladrones, y en ese lugar constituir un nuevo puerto.

El 7 de marzo de 1606, Navarro llegó a la bahía de Santo Tomás, le dió este nombre porque ese dia se celebra por la iglesia Católica el dia de Santo Tomás de Aquino.

Tres años después de que navarro encontró este lugar, se contruyó en el puerto algunas fortificaciones, que facilittaban la defensa contra los piratas o malentes del mar, estas fortificaciones se construyeron facilmente, gracias a las condiciones que brindaba el puerto.

La ventaja mayor de este puerto es que estaba más cerca de la capital, en comparación con los puertos de Caldera y Caballos.

Se construyó un camino que pasaba por las montañas de Chiquimula y Esquipulas, que iba desde el puerto hasta la capital.

Con esta ventaja, la población del puerto Caballos emigró de dicho lugar hacia el puerto de Santo Tomás, también lo hizo la tribu de indios loquehuas que vivía en Esquipulas, después de esto se apreciaron grandes ventajas e importancia que tomó la región.

Este puerto fué abandonado por no haber obtenido su apertura la aprobación del rey de España, aunque algunos creen que fué por que las recúas sufrían hacía el tráfico en esas tierras áridas, por esta razón el Gobernador del Reino don Diego de Avendaño, hizo fortificar el Golfo Dulce en 1647, donde se recibió entonces el comercio que entraba al país.