El municipio fue creado por acuerdo gubernativo del 2 marzo 1860: “Habiendo tomado en consideración la consulta dirigida por el corregidor del departamento de Santa Rosa, sometiendo al conocimiento y aprobación del Gobierno la providencia dictada por aquel corregimiento con fecha 25 de febrero último, por la cual manda establecer en las tierras de la hacienda nombrada El Potrero dos poblaciones independientes de Mataquescuintla: la una que se compondrá de los indígenas que ocupaban la aldea de Alzatate y llevará el mismo nombre; y otra compuesta de los ladinos residentes en la misma hacienda, a la que se dará el nombre de San Rafael; cuyas poblaciones quedarán separadas e independientes.
Los pobladores de dicha época, se dedicaban al cultivo de trigo y cereales, que en pequeña escala elaboraban teja y ladrillo de barro, así como lazos y redes de fibra de maguey. Hace referencia a la fabricación de panela y que dicho poblado cuenta con varios trapiches en que procesaban la caña de azúcar de la zona (IGN 2000).
El municipio de San Rafael las Flores se encuentra a una distancia de 55 kilómetros de la cabecera departamental de Cuilapa. Se localiza entre el norte de Casillas, al este de Mataquescuintla municipio del departamento de Jalapa, al oeste de San Carlos Alzatate municipio del departamento de Jalapa y al sur de Mataquescuintla de Jalapa. Entre sus terrenos se encuentra semi-íntegrado la laguna de Ayarza ya que también está en el territorio del municipio de Casillas.
La economía del municipio se basa la agricultura y el comercio de productos agrícolas y productos artesanales. Los principales cultivos incluyen los cereales, pero se cosecha frutas y verduras.
Las principales celebraciones se realizan tomando en consideración las tradiciones religiosas. Su feria titular se celebra del 22 al 26 de octubre en honor a San Rafael Arcángel. El 12 diciembre se conmemora a la Virgen de Guadalupe, llevando a cabo eventos sociales, culturales, deportivos, religiosos y la danza folklórica “El Torito”.
Dado a que la mayoría de su población es mestiza, el idioma que predomina es el español. Por ser una población ladina, sigue patrones propios de esta cultura, tales como utilizar un vestuario occidental, la gastronomía incluye granos básicos, hierbas, vegetales y aves de corral, entre otros.
En cuanto a sitios arqueológicos, San Rafael Las Flores posee un centro arqueológico en la aldea Media Cuesta. No existe en el territorio institución que promueve la cultura.
San Rafael Las Flores tiene una población de 9,078 habitantes (nueve mil, setenta y ocho), 4,614 hombres y 4,464 mujeres. El 99.6 % es considerada ladina, tiene una densidad poblacional de 107 hab/km2 quienes de acuerdo a edad, se encuentran distribuidos, tal como se visualiza en la siguiente pirámide poblacional.
San Rafael Las flores es un municipio con una proporción alta de población no indígena (99%) y tan solo 31 personas se identifican con la etnia maya y Xinka (INE 2002ª).
San Rafael Las Flores, posee bellezas naturales, atractivos paisajes que los visitantes pueden apreciar a través de su trayecto, sitios que tienen un gran potencial turístico y que no han sido aprovechados, entre ellos la Laguna de Ayarza (SEGEPLAN2009d). Otro lugar poco conocido lo constituye el sitio arqueológico de Media Cuesta, que puede ser visitado por aquellas personas a quienes les gusta explorar y conocer el pasado, por el momento se encuentra en malas condiciones.
Según datos San Rafael Las Flores cuenta con un centro de salud tipo A con categoría funcional de Centro de Atención Médica Permanente –CAP con servicios de maternidad, en donde se tiene un horario ampliado de atención las 24 horas del día, los siete días de la semana. Además también con un Puesto de Salud Fortalecido en Aldea Media Cuesta, con atención permanente los 7 días de la semana, por auxiliares de enfermería del Programa de Cohesión Social.
Como también con cuatro centros de convergencia que aspiran a tener atención permanente, ubicados en Aldeas El San Juan Bosco, El Quequexque, Las Nueces y San Rafaelito, administrados por la Prestadora de servicios básicos de salud Diócesis de Santa Rosa de Lima, en el marco del programa de Extensión de cobertura (SEGEPLAN 2009d).
