La población de Poptún se inicia como una humilde hacienda teniendo como sus primeros pobladores a los Mayas procedentes de San Luis, indígenas, q’eqchies procedente de Cahabon, A.V. y pasando el tiempo se fue convirtiendo en una ranchería en las que existían de 10 a 15 familias.

Poptún, se fue poblando y desarrollando lentamente con gente humilde y campesina, quienes realizaban el comercio a cambio del trueque y realizaban actividades como: corte de shate y extraían de chicle de los árboles de chico-zapote, preparándolas en marquetas que eran llevadas por bestias durante siete días a la cabecera de Flores, Peten, en donde lograban venderlos. 

 En En 1927, se iniciaron las actividades a mano de la construcción de carreteras y construcción de la Pista de Aterrizaje.  En este año se opto por realizar las fiestas titulares del 21 al 30 de abril con base a la religión católica, y se les llamaba “Fiestas del día de la Madre” por ser mujeres quienes las organizaban.      En 1931, estas fiestas se dejaron de llamarse así y se les dio el nombre de “San Pedro Mártir de Verona”, ya que el 16 de febrero de ese año, se trajo a Poptún este Santo que fue comprado por la Sra. América Palacios al Sr. Benigno Arias.

Para que Poptún dejara de ser Aldea, se empezaron los tramites el 17 de junio de 1952, esta fue una lucha que duro 14 años.   Y fue así que los limites territoriales del municipio, tales como los reconoce la municipalidad de San Luis, quedaron plasmados en las actas certificadas, que fueron levantadas los días 28 de junio y 23 de julio de 1966 y el 10 de septiembre de ese mismo año, fue elevado a categoría de Municipio.

Desde esa fecha han gobernado nuestro Municipio 18 alcaldes municipales, entregando la alcaldía auxiliar el señor Moisés Fernández, quien se identifica con cedula de vecindad No. Orden P-17 y registro #3.